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一是明确非法占用耕地的行政法律责任主体、行政机关对新建违法建筑的制止权以及行政处罚的追责期限，依法追究非法占用耕地行为人的行政法律责任。第一，《规定》针对不同情形，分两款分别规定实施非法占用耕地行为，以及行政机关在履行合理审慎的调查义务后，仍不能确定非法占用耕地行为主体的情况下，实际占有、使用土地且拒不配合行政机关依法处置行为的公民、法人或者其他组织，属于依法应当承担非法占用耕地行政法律责任的主体。第二，《规定》依据行政强制法第九条以及城乡规划法第六十八条的有关内容，规定行政机关可以依据城乡规划法等有关法律、法规的规定，依法采取查封施工现场等措施制止继续施工的违法行为。第三，针对非法占用耕地行为作出行政处罚的追责期限问题，《规定》进一步明确在耕地恢复至未被占用的状态之前，应当视为具有行政处罚法第三十六条第二款规定的“继续状态”，行政处罚的追责期限应当从违法行为终了之日起计算。

二是明确非法占用耕地合同的效力及相应法律后果bestbio-贝博，依法追究非法占用耕地行为人的民事法律责任。对于涉及非法占用耕地的合同效力的认定，《规定》结合民法典、土地管理法等相关规定，明确规定当事人约定占用耕地建房、建窑、建坟、挖砂、采石、采矿、取土等，以及约定买卖、租赁建在耕地上的房屋等内容违反土地管理法的禁止性规定的，人民法院应当认定该约定无效。此类合同被认定无效的，在确定财产返还、折价补偿、赔偿损失时，人民法院应当按照诚信原则和公平原则，结合当事人的过错程度，合理确定各方应当承担的民事责任。

三是明确非法占用农用地罪的行为方式等，依法追究非法占用耕地行为人的刑事法律责任。第一，明确了非法占用耕地构成非法占用农用地罪的行为方式和数量标准。第二，明确了非法占用耕地同时构成非法占用农用地罪、污染环境罪、非法采矿罪等犯罪情形下，依照处罚较重的规定定罪处罚的竞合适用规则。第三，规定了从重处罚和从宽处罚的情形。第四，规定了国家机关工作人员在涉耕地领域有关职务犯罪的处理bestbio-贝博，特别是明确了同时构成受贿罪的，应当数罪并罚的处理规则。第五，规定了单位犯罪、反向行刑衔接以及多次实施非法占用耕地犯罪数量、数额的累计计算等问题。

四是明确责令限期拆除决定行政复议与行政诉讼的衔接以及起诉期限问题，充分保障当事人申请复议和提起诉讼的权利。第一，关于责令限期拆除决定是否可以申请行政复议以及申请行政复议的期限问题，《规定》明确当事人可以根据行政复议法第二十条、第二十一条的规定，向行政机关申请行政复议，对行政复议决定不服，在法定期限内向人民法院提起行政诉讼，也可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内bestbio-贝博，直接向人民法院提起行政诉讼。第二，关于行政机关在责令限期拆除决定中一并作出罚款等决定时，如何计算起诉期限问题，《规定》进行了区分处理，即行政机关未依法告知就责令限期拆除行为适用土地管理法规定的十五日起诉期限的，结合行政诉讼法相关规定以及从有利于保护行政相对人诉权的角度出发，起诉期限适用行政诉讼法第四十六条以及行政诉讼法司法解释第六十四条、第六十五条的规定；例外情形是，行政机关在作出行政决定时，已经依法告知就责令限期拆除决定适用土地管理法第八十三条规定的起诉期限的，鉴于土地管理法的规定属于特别规定，此时应当分别适用不同的起诉期限。

五是完善案件审理和裁判方式，明确执行标准，切实维护农民合法的用地权益。第一，对非法占用耕地建设但用途符合国土空间规划的建筑物和其他设施作出责令限期拆除决定等若干情形，《规定》明确人民法院应当判决撤销责令限期拆除决定，并可以判决被告重新作出行政行为。第二，针对撤销责令限期拆除决定会给国家利益、社会公共利益造成重大损害情形，《规定》明确人民法院判决确认责令限期拆除决定违法的同时，可以判决责令被告采取补救措施；给原告造成损失的，依法判决被告承担赔偿责任。第三，《规定》明确责令限期拆除决定作出后，有关部门对国土空间规划依法作出调整，被告以相关建筑物和其他设施符合调整后的规划为由，改变被诉行政行为，原告申请撤诉的，人民法院依法裁定准许。第四，对于当事人起诉要求行政机关履行违法占地查处职责案件，《规定》明确人民法院应当依据法律、法规，参照规章，并结合国务院及其组成部门、省级人民政府就非法占用耕地问题依法制定的规范性文件的规定，对被告是否履行土地管理法律、法规规定的查处职责，或者依法作出补办、完善手续、在一定期限内予以保留等处理决定进行审理，并依法作出裁判。第五，针对涉非法占用耕地案件执行标准不明确的问题，《规定》明确人民法院执行涉及耕地的生效判决书、调解书时，应当将维持或者恢复耕地种植条件作为停止侵害、恢复原状、排除妨碍、消除危险的标准。必要时，人民法院可以委托相关机构对是否已经达到维持或者恢复耕地种植条件进行评估。

六是科学划分行政赔偿责任，实现对行政机关的精准监督。实践中，部分行政机关因工作人员与他人恶意串通、审查申请材料不严格、第三人提供虚假材料等原因，导致当事人非法占用耕地进行建设并因此遭受损失，对此bestbio-贝博，行政机关应当承担相应责任。《规定》明确人民法院应当根据行政诉讼法以及相关司法解释的规定，综合考虑批准行为在损害发生和结果中的作用大小等因素，依法确定行政机关的赔偿责任。