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对于涉及非法占用耕地的合同效力认定问题，《规定》结合民法典、土地管理法等相关规定，明确规定当事人约定占用耕地建房、建窑、建坟、挖砂、采石、采矿、取土等，以及约定买卖、租赁建在耕地上的房屋等内容违反土地管理法的禁止性规定的，人民法院应当认定该约定无效。此类合同被认定无效的，在确定财产返还、折价补偿、赔偿损失时，人民法院应当按照诚信原则和公平原则，结合当事人的过错程度，合理确定各方应当承担的民事责任。

实践中，部分行政机关因工作人员与他人恶意串通、审查申请材料不严格、第三人提供虚假材料等原因，导致当事人非法占用耕地进行建设并因此遭受损失，为科学划分行政赔偿责任，实现对行政机关的精准监督，《规定》明确人民法院应当根据行政诉讼法以及相关司法解释的规定，综合考虑批准行为在损害发生和结果中的作用大小等因素，依法确定行政机关的赔偿责任。